Errepublika garaiko urte gorabeheratsuek utzitako ondorioak jasan zituen Aldapetako eskola-giroak ere. 1933ko Konfesio eta Kongregazio Erlijiosoen legea zela eta, marianistek eskola emateari utzi behar izan zioten; izan ere, gobernuak, heziketa zentroen titulartasuna ukatu baitzien erakunde erlijiosoei. Luis Heintz jaunak, eskarmentu eta abilezi handiko zuzendariak, Donostiako jende garrantzitsuengana jo ondoren, lanean jarraitzeko bidea lortu zuen, ezen ikastetxearen titulartasuna Gipuzkoako Hezkuntza Elkarte baten esku utzi baitzuen. Julian de Lojendio jauna –marianistetako ikasle ohia– zen elkarte honen burua, eta Carlos Santamaria jauna, zuzendaria –hau ere, ikasle ohia–. Marianistei irakasle-kontratua egin zitzaien, ez Mariaren Lagundiako kide ziren aldetik, irakasle soila ziren aldetik baizik; trikimailu horri esker lortu zuten beren lanpostuetan jarraitu ahal izatea.

1936ko uztailaren 24an, Francok Errepublikaren aurka egindako matxinada militarra baino astebete beranduago, CNTko hamalau milizianok bandera gorria ipini zuten ikastetxearen goiko aldean. Handik gutxira gobernuak ikastetxeko hainbat gune jarriko zituen Gurutze Gorriaren zerbitzura. Eta horrela, bertan gelditu zen luzaro jarrita "Hospital de Sangre" delakoa.

 Donostia gerraren hastapenean frankistek hartu bazuten ere, horrek ez zuen galarazi hurrengo ikasturtearen hasiera. Errepublikarren esku zeuden lurraldeetan gerra zibileko borrokaldiek jarraitzen zuten, eta bertatik zetozen ikasle saldoekin gainezka egin zuen ikastetxeak. Aldapetako ikasle-kopurua gutxitu beharra zegoen, eta horretarako, Paulina eta Toki-Alai etxeak eskola emateko ireki eta martxan jarri ziren; beti ere, Marianisten berme eta babesean.

 1938an Hezkuntzan egin zen erreforma berriak nazionalkatolizismoa zeukan oinarri. Batxilergoko 7. urtea ezarri zen eta estatu-azterketa egitea zuen helburu. Valladolid zenez Unibertsitate-barrutiko hiriburua, bertara joan behar zuten ikasleek azken azterketak egitera.

 Gerraostean zuzendari berri bat iritsi zen, Aita Julian Angulo (1940-49). Berarekin batera, zeremonia erlijioso eta erreferentzia "patriotikoak" itzuli ziren, baita jatorri misiolariko antzerkiak ere, nahiz eta hauek dibertigarriagoak izan besteak baino. Frankismoaren eragina instituzionalizatu egin zen "Frente de Juventudes"-ek egiten zituen jardueren bidez. Batxilergoko programan, inposatu egin zen  "Formación del Espíritu Nacional" delakoa. Horrek guztiak nahi zutenaren kontrako eragina izan zuen: haien kontrako arerioak ugaritu ziren.

 Bigarren Mundu Gerrako urteak ziren eta Aita Yacob Gapp, marianista austriarra, naziengandik ihesean zebilena, irakasle aritu zen ikasturte batez ikastetxean. Egun batean, desagertu egin zen, inork jakin gabe arrazoia. Gestapok engainatu eta Hendaiara eraman zuen. Han alemanak zeuden. Gero jakin zuten alemanek Berlinen 1943an burua moztu ziotela. Juan Pablo IIak beatifikatu zuen Erroman 1996ko azaroaren 24an.

 Ospakizun haietan -Misio Santuan eta Kongresu Eukaristikoan- zuzenean parte hartu zuen arren, ikastetxeak bere martxa jarraitu zuen. Hainbat ikasle gogotsuk euren saiakerak egiten zituzten letra munduan eta ikastetxeko aldizkarietan idazten zuten; "Ecos del Colegio" eta "Reflejos" aldizkarietan batez ere. 1947an Akademia zientifiko-literarioa sortu zen. Nahikoa elitista izan zen eta iraupen laburra izan zuen; hala ere, oso onuragarria gertatu zen haren bideaz baliatu zirenentzat.

Bestalde, inoiz baino maizago antolatzen ziren irtenaldiak eta bisitak Gipuzkoa eta Bizkaiko ingurune industrialetara. Aisialdia kirolaren inguruan antolatzen hasi zen. 1943an CEM (Ikasle Marianisten Zentroa) sortu zen eta honek aisialdirako aukera berriak zabaldu zituen. Marianista eta Jesuiten arteko adiskidetasuna zela medio, saskibaloiak lehen urratsak eman zituen ikastetxean. Orduan eskuratutako garaipenek erraztu zuten kirol honen etorkizuna. Hala ere, futbolak arrakastatsu segitzen zuen bai ikastetxeko jolas-tokietan bai hiriko futbol-zelaietan nahiz Kontxa hondartzako lehiaketetan.

 1949ko martxoaren 31an Silvestre Jose Juergens Aita Nagusi Orokorra Donostiara etorri zen. Bere bisita gertakizun bat izan zen eta hirian ohore guztiekin egin zioten harrera.

 1949ko apirilaren 2ko gauean Santiagoko pabilioia kiskali zen. Izugarrizko sute haren ostean, bezturiko horma bat baino ez zen geratu. Halere, ez zen zauriturik izan. Seguru asko ustekabeko sutea izan zen, baina ez zen baztertu, bestalde, nahita eragin izanaren hipotesia. Egun haietan, ikastetxeko zuzendariak gutun anonimoak jaso zituen. Izengabeko eskutitz horietan eskatzen zuten amerikar Aita Nagusiak frankismoak eragindako injustizia eta atxiloketen berri izatea.

Los años azarosos de la República tuvieron repercusión en la vida colegial de Aldapeta con ocasión de la Ley de Confesiones y Congregaciones Religiosas de 1933. Los Marianistas tenían que proceder a la clausura de la actividad colegial por disposición del gobierno al negar la titularidad de los centros educativos a los institutos religiosos. La gran experiencia y tacto del director Don Luis Heintz le llevó a acudir relevantes personalidades donostiarras consiguiendo transferir la titularidad a una constituída Asociación Guipuzcoana de enseñanza,   presidida por Don Julián de Lojendio, antiguo alumno y nombrándose director al también antiguo alumno Don Carlos Santamaría. Los Marianistas pudieron conservar sus puestos al ser contratados a título personal y no como miembros de la Compañía de María.

 El 24 del Julio de 1936, una semana más tarde de la sublevación militar de Franco contra la República, catorce milicianos de la CNT colocaron la bandera roja en lo más alto del edificio. Pronto los gubernamentales habilitarían las dependencias del Colegio al servicio de la Cruz Roja. Y así quedó en él instalado el Hospital de Sangre.   

Nada impidió el comienzo del curso siguiente al ser tomada la ciudad por las fuerzas franquistas. Pronto el colegio se vio invadido por la afluencia de oleadas de alumnos procedentes de la zona republicana donde se continuaban librando los combates de la guerra civil. Hubo de procederse a la descongestión de Aldapeta poniendo en funcionamiento los establecimientos de las villas Paulina y Toki-Alai bajo la tutela oficial de los Marianistas.

 En 1938 hubo nueva reforma de la enseñanza de inspiración nacional-católica añadiéndose el 7º año de bachillerato que culminaba en el examen de estado debiendo desplazarse los alumnos a Valladolid como capital del distrito universitario para realizar las pruebas finales.

 Con la posguerra llegó un nuevo director, el Padre Julián Angulo(1940-49). Fue un retorno a la "edad de oro" de las ceremonias religiosas, referencias "patrióticas", representaciones teatrales de carácter misional, aunque también más festivo. La incidencia de la era de Franco se institucionalizaba en actividades monopolizadas por el Frente de Juventudes y en los programas de Bachillerato se impuso la Formación del Espíritu Nacional. Todo ello causaba en la mayoría un efecto contraproducente.

 Son los años de la Segunda Guerra Mundial y durante un curso completo fue profesor del Colegio el Padre Yacob Gapp, marianista austriaco perseguido por los nazis. Un día desapareció. Le había engañado la Gestapo conduciéndole a Hendaya, ocupada por los alemanes. Se le supo decapitado en Berlín en 1943. Fue beatificado por Juan Pablo II en Roma.

  En aquel marco de celebraciones, la Santa Misión, el Congreso Eucarístico, el Colegio seguía su marcha normal. Alumnos inquietos ensayaban su pluma en muchas revistas como Ecos del Colegio y Reflejos. En 1947 se fundaba una Academia científico - literaria de carácter un tanto elitista que no tuvo continuidad  pero que fue positiva para quienes aprovecharon sus cauces.

 Por otro lado se prodigaban más que nunca las excursiones y visitas al entorno industrial de Guipúzcoa y Vizcaya, mientras que el ocio organizado en torno al deporte abría nuevas perspectivas lúdicas con la fundación del CEM o Centro Estudiantil Marianista. Se iniciaba en Marianistas el baloncesto en cordial amistad con Jesuitas, y los triunfos acreditaban el futuro de este deporte. Pero el fútbol seguía reverdeciendo laureles en los patios del Colegio, los campos de la ciudad y la playa de la Concha.

  La visita del Superior General Padre Silvestre José Juergens fue un acontecimiento en San Sebastián. Fue recibido como huésped de honor de la Ciudad. 

La noche del 2 al 3 de abril de 1949 el pabellón de Santiago se convirtió en pavesas. Un pavoroso incendio dejó como único testigo del siniestro un muro ennegrecido. No hubo desgracias  personales. Posiblemente el incendio fue fortuito, pero no se descartó la hipótesis de una provocación. Por aquellos días el director había recibido cartas anónimas en las que se pedía que el Superior General americano fuera informado de las injusticias y detenciones del régimen franquista.